A primeira diretoria da recém-criada entidade, dedicada e batalhadora, foi presidida pelo saudoso Pedro Alcover de Moura, que esteve à frente da instituição entre 1957 e 1958. Sua atuação foi fundamental para estruturar a entidade e pavimentar o caminho para a criação do sindicato.

Já organizada, a entidade enfrentou seu primeiro grande confronto. Conforme registrado no primeiro caderno de atas, em 1962 o sindicato teve sua sede provisória fechada e seu então presidente, Maurício Fang, foi preso. Iniciava-se um período marcado pela repressão e pela luta em defesa da classe médica.

Entre as histórias que marcaram a luta médica está a do abnegado Edmundo Castilho, presidente do Sindimed entre 1968 e 1973. Com espírito empreendedor, ele foi responsável pela criação da Unimed, uma cooperativa médica genuinamente santista, que se consolidou como referência nacional em cooperativismo na área da saúde.

Um dos marcos mais importantes da trajetória do Sindimed foi a aquisição da sede própria, a chamada Casa do Médico, em 1999 — ano em que a entidade completou 40 anos de existência. A concretização desse sonho foi resultado do esforço conjunto de dirigentes, associados, funcionários e colaboradores. Oficialmente inaugurada em 17 de outubro de 2000, simbolizou a consolidação de décadas de luta e dedicação à categoria médica.